神尼舍利塔在飞来峰。按照冷晓《杭州佛教史》里所说的位置，“塔不知废于何时，但石级犹存，旁有唐卢元辅题天竺诗摩崖石刻”。那么塔址应在香林洞上登莲花峰的连岩栈道旁。
为什么不能说它是杭城最早的塔呢？显然，佛教从东晋咸和初落地杭州，到隋朝间有几百年时间，无疑有过各种各样的塔，事实上，南朝陈天嘉元年（560年）天竺僧人持辟支佛（全名辟支迦佛陀）舍利建在孤山永福寺里的辟支佛骨塔就比神尼舍利塔早几十年。
神尼舍利塔至今没有发现实物图片，志书记载的文字少而语焉不详居多，有的古籍配有插图，但并非纪实性绘画，只能算作图标，故而，大凡对舍利塔进行各种各样的外形乃至质材上的描述，皆为作者的推测和想象。
歌咏神尼塔的诗传世的不多，主要有唐代宋之问《灵隐诗》：
楼观沧海日，门对浙江潮。扪萝登塔远，刳木取泉遥……
唐代张祜《灵隐》：
峰峦开一掌，朱槛几环延。佛地花分界，僧房竹引泉。五更楼下月，十里郭中烟。后塔耸亭后，前山横阁前。溪沙涵水静，涧石点苔藓。好是呼猿久，西岩深响连。
诗中提及的塔，疑似神尼塔，但值得注意的是北高峰唐代已有七级浮屠，俗称北高峰塔，今北高峰韬光寺望海亭联为：“楼观沧海日；门对浙江潮”。
北宋郭正祥《钱塘西湖百咏·神尼塔》：
神尼凿一塔，杳在碧云端。舍利夜光现，君须正眼观。
明初文学家贝琼的《神尼塔》是后人引用最多的一首诗，诗云：
雁塔高千尺，东南远建标。江山留过客，日月记当朝，铎受天风震，梯经劫火烧。四贤谁复继，千古意寥寥。
神尼舍利塔建造于隋仁寿二年（602年）。《历代三宝记》记载：隋文帝即位前，有印度沙门送给他一包舍利，请他供养。印僧走后，他找来一个和尚将舍利放在掌心，想数一数有多少颗，可两个人数来数去就是数不清，始知佛法高远莫测，非凡情可度。杨坚叫人定制了一只精致的七宝箱，将舍利珍藏在里面。隋文帝即位初年（581年），即普诏天下，尽兴北周武帝宇文邕（534-578）所废之佛寺。
仁寿元年（601年），时值隋文帝六十岁大寿，杨坚特意在仁寿宫仁寿殿款待数位高僧大德，一方面兴论宏佛之道，另一方面他要下令在三十多个州按来自京城的统一图纸，建造舍利塔，并要求各塔均在十月十五日正午时分放舍利函，为此他还亲自起草了一份内容十分具体详尽的诏书，诏示天下：
朕皈依三宝，重兴圣教，思与四海之内一切人民，俱发菩提，共修福业，使当今见在爰及来世，永作善因，同登妙果。宜请沙门三十人，谙解法相兼堪宣导者，各将伺者二人，并散官各给一人，熏陆香一百二十斤，马五疋，分道送舍利往前件诸州起塔……为朕、皇后、太子、诸王子孙等及内外官人、一切民庶、幽显生灵，各七日行道并忏悔。起行道日，打刹莫问同州异州，任人布施，钱限至十文以下，不得过十文，所施之钱，以供营塔。若少不充役丁，及用库物。率土诸州，僧尼并为舍利设斋，限十月十五日午时，同下入石函。总管、刺史以下，县尉以上，自非军机，停常务七日，专检校行道及打刹等事，务尽诚敬，符朕意焉。
隋文帝下诏建的舍利塔共有一百一十三座，统称仁寿舍利塔，杭州的舍利塔虽也是仁寿舍利塔之一，但珍藏的是陕西冯翊郡船若寺智仙尼姑的舍利。
据记载，隋文帝杨坚小时曾由智仙尼姑抚养，智仙曾言“决其后，必大贵”。周武帝废佛时，智仙避居杨坚家而殁。报答当年神尼对他的养育之恩，杨坚令史臣王劭给智仙作传，又令精通佛法涅槃的古雍州（今湖北襄阳）高僧慧诞携智仙舍利到杭督建神尼舍利塔。
神尼舍利塔的外形究竟如何，一直为人们所关注，6月29日《杭州日报》西湖副刊刊登陈天声文“杭城第一塔”，在这篇行文严谨，内容充分的文章中作者进行了合理的推演，“隋代由皇帝策划的那批舍利塔，形制一统，均为五层方型大木塔”。
南宋初期，木质的神尼塔倒塌了，大约元末明初时神尼塔在原址上重建，依然是五层型楼阁式方形塔。只是由木结构改成了砖木结构。清康熙三十八年（1699年），康熙皇帝第三次南巡回京后，从国库里拔出专用款项，大规模重修天竺寺，也顺便重修了寺旁的神尼塔。重修时，塔增高了两层，变成七层砖芯木檐塔，神尼塔重新恢复了金碧辉煌的风采。
